In mare, va trebui tu, da, sa modifici manual.. Adica sursele le aplici, da' avand tema separata va trebui sa modifici si tema (altfel o sa vezi ca nu iti apare nici un text pentru linkurile noi adaugate de VisualWarning de exemplu - caci sunt trecute doar in language dir al temei default, iar tu trebuie sa le treci in language dir-ul al temei tale..).
Trecerea se poate face imediat, din panoul de administrare. Gasesti acolo un link ca a aparut un update, si te descurci de acolo.